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转录组分析中批次效应的检测与矫正

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随着测序数据的持续积累和单细胞转录组测序的广泛应用,超大规模转录组数据集的整合,为后基因组时代提供了新的机遇和挑战.其中,不同数据集具备的时空异质性和测序平台带来的系统误差导致的批次效应,对转录组分析的有效性产生了极大影响,干扰了真实的生物学差异的研究.本文介绍了转录组分析中批次效应的产生原因和检测方法,并对基于参数估计和非参数的矫正模型以及针对单细胞转录组的整合算法进行了总结.结合主流的分析方法,给出批次效应矫正的实践建议,为相关转录组研究的综合分析提供参考意见.
Detection and correction of batch effect in transcriptomics analysis

transcriptomics analysisbatch effectbatch effect correction

刘淏晟、张博文

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北京师范大学生命科学学院,生物多样性与生态工程教育部重点实验室,100875,北京

转录组分析 批次效应 批次效应矫正

生物多样性与生态工程教育部重点实验室自主课题资助项目

2023

10.12202/j.0476-0301.2023120

北京师范大学学报(自然科学版)
北京师范大学

北京师范大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.505
ISSN：0476-0301
年,卷(期)：2023.59(4)
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