优化兵团科技结构，强化企业在兵团科技创新体系中的主体地位，对建设以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的科技创新体系具有重要意义。通过对2017-2022年兵团龙头企业、高校和科研机构科技创新人员与经费投入、专利与创新项目产出的梳理与整理，发现兵团企业科技创新主体地位逐步强化，但仍存在创新意识薄弱、创新能力不足、创新企业梯队建设不完善等问题。通过加快构建以企业为主体的兵团"政产学研用"协同创新体系，加速培育兵团科技创新型企业梯队、支持大型国有企业开展基础创新研究等措施，能有效提升兵团企业科技创新能力和地位。
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