大豆科学2021，Vol.40Issue(4) ：466-475.DOI:10.11861/j.issn.1000-9841.2021.04.0466

大豆灰斑病菌Race 15的全基因组测序分析

Whole-Genome Sequencing and Analysis of Cercospora Sojina Race 15

顾鑫 杨晓贺 姚亮亮 高雪冬 张茂明 刘伟 赵海红 丁俊杰
大豆科学2021，Vol.40Issue(4) ：466-475.DOI:10.11861/j.issn.1000-9841.2021.04.0466
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大豆灰斑病菌Race 15的全基因组测序分析

Whole-Genome Sequencing and Analysis of Cercospora Sojina Race 15

顾鑫 1杨晓贺 1姚亮亮 1高雪冬 1张茂明 1刘伟 1赵海红 1丁俊杰1
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作者信息

  • 1. 黑龙江省农业科学院佳木斯分院/国家大豆产业技术体系佳木斯综合试验站/农业部佳木斯作物有害生物科学观测试验站,黑龙江佳木斯154007
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摘要

大豆灰斑病菌新小种Race 15具有强致病力和明显的生理分化现象,可导致传统抗病大豆品种的抗性丧失.为在基因组水平解析其致病机理,本研究对Race 15菌株进行全基因组测序和基因功能注释,并分析其毒力相关基因的代谢途径.结果表明:大豆灰斑病菌Race 15的全基因组de novo测序共产生601 794个PacBio读数,得到6 038 283 778 bp数据,经过组装得到12个contigs,N50长度为4.9 Mb,组装后得到的总序列长度为40.12 Mb.共预测到12 607个编码基因,基因密度约314个.Mb-1,预测得到了 200个tRNA,2个sRNA和13个snRNA.共有680个基因在病原与宿主互作数据库中注释,340个基因在碳水化合物酶数据库中注释,777个基因预测为次生代谢物相关基因,此外还有766个基因预测为分泌蛋白.这些与毒力相关的致病基因主要涉及细胞壁分解酶、真菌的形态构成、毒素和色素生物合成等.

关键词

大豆灰斑病/Race/15/全基因组测序/基因功能注释/毒力相关基因

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基金项目

出版年

2021
大豆科学
黑龙江省农业科学院

大豆科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.641
ISSN：1000-9841
被引量1
参考文献量17
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