大豆科学2023,Vol.42Issue(5) :532-544.DOI:10.11861/j.issn.1000-9841.2023.05.0532

大豆胞囊线虫3号生理小种抗性相关TIFY基因生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of TIFY Genes Related to Resistance of Soybean Cyst Nematode Race 3

孙浩文 曲硕 刘芳 姜海鹏 韩英鹏
大豆科学2023,Vol.42Issue(5) :532-544.DOI:10.11861/j.issn.1000-9841.2023.05.0532

大豆胞囊线虫3号生理小种抗性相关TIFY基因生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of TIFY Genes Related to Resistance of Soybean Cyst Nematode Race 3

孙浩文 1曲硕 1刘芳 1姜海鹏 1韩英鹏1
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作者信息

  • 1. 东北农业大学大豆研究所/大豆生物学教育部重点实验室/农业农村部东北大豆生物学与遗传育种重点实验室,黑龙江哈尔滨 150030
  • 折叠

摘要

TIFY转录因子参与调节植物的生长和发育,同时参与植物应激反应,在植物生长中具有重要调控功能.为探索TIFY基因家族成员在大豆胞囊线虫病(Soybean Cyst Nematode,SCN)3号生理小种抗性反应中的作用,选择抗病品种东农L-10和感病品种黑农37进行SCN 3号生理小种胁迫处理,在转录组测序数据中分析筛选到多个与抗性相关的TIFY转录因子,并对其进行生物信息学预测和分析.结果表明:从转录组数据中鉴定和筛选到23个与SCN 3号生理小种相关的差异表达TIFY转录因子,其中18个转录因子上调表达,5个转录因子下调表达,TIFY基因在大豆的根、茎、叶均存在一定表达量,在相同的大豆胞囊线虫胁迫下,抗病品种中TIFY表达量要高于感病品种.不同TIFY转录因子之间的理化性质存在较大差异.23个转录因子均属于亲水性蛋白,多数为酸性等电点.亚细胞定位预测结果显示,TIFY转录因子发挥重要作用的位置依次为细胞核、细胞质、线粒体.蛋白质二级结构中氨基酸序列以无规则卷曲为主要组成,α-螺旋次之,β-折叠和β-转角则散布于蛋白质序列中.基因分布在大豆的10条染色体上,磷酸化位点丝氨酸偏多,启动子中存在很多响应激素应答和胁迫相关的顺式作用元件,说明TIFY基因所编码的蛋白中部分为响应胁迫的蛋白.研究结果说明筛选到的23个与SCN 3号生理小种相关的TIFY转录因子可为进一步了解大豆TIFY基因的功能提供重要参考.

关键词

大豆胞囊线虫/3号生理小种/TIFY转录因子/生物信息学

Key words

soybean cyst nematode(Heterodera glycines Ichinohe)/race 3/TIFY transcription factor/bioinformatics

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基金项目

黑龙江省重点基金(ZD2022C002)

黑龙江省重点研发项目(JD22A015)

国家自然科学基金面上项目(31971967)

出版年

2023
大豆科学
黑龙江省农业科学院

大豆科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:0.641
ISSN:1000-9841
被引量1
参考文献量10
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