目的:对重庆市2015~2017年手足口病死亡病例进行病原学调查,了解重庆市手足口病死亡病例的基因型别.方法:采用实时荧光定量PCR方法(real-time PCR),对临床诊断为手足口病的7例死亡病例进行肠道病毒通用型、肠道病毒71型(EVA71)、柯萨奇病毒A16型(CoxA16)、柯萨奇病毒A6型(CoxA6)及柯萨奇病毒A10型(CoxA10)的核酸检测,用RD细胞对核酸检测阳性的标本进行病毒分离,并进行扩增测序.结果:7例死亡病例中,4例EVA71、1例CoxA6、1例非EVA71/CoxA16/CoxA6/CoxA10肠道病毒;分离所得2株毒株经序列分析和系统树构建表明为EVA71中C4a亚型.结论:重庆手足口死亡病例中仍以EVA71为主,经序列分析为EVA71病毒的C4a亚型,病毒未出现明显变异,死亡或与患者自身免疫状况有关.