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猪GSKIP基因ceRNA调控网络及其蛋白互作分析

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利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征,对GSKIP基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建ceRNA转录调控网络,进一步分析GSKIP蛋白的基本功能,构建多物种进化树和相互作用蛋白网络.通过RT-PCR获得了BMI GSKIP CDS区全长420 bp,该基因含4个外显子;基因功能分析表明,GSKIP主要参与Wnt信号通路;基因靶向作用分析表明,猪GSKIP受ssc-miR-181c、ssc-miR-181b、ssc-miR-181a、ssc-miR-335和miR-644-5p等5个miRNA的靶向调控;蛋白质结构分析表明,GSKIP包含1个DUF727结构域,α螺旋在二级结构中占比最高;多物种进化分析表明,BMI GSKIP氨基酸序列在哺乳动物中较为保守,与绵羊和牛的亲缘关系最为接近;蛋白互作网络分析表明,BMI GSKIP与10个蛋白存在相互作用.
ceRNA regulatory network of GSKIP gene in pig and corresponding protein interaction analysis

代红梅、刘志朋、张霞、杨忠、曾日彬、王配、常勇诚、霍金龙

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云南农业大学动物科学技术学院,云南 昆明650201

吕梁学院生命科学系,山西 吕梁033001

云南生物制药有限公司,云南 昆明650503

猪 GSKIP 功能注释 竞争性内源RNA 调控网络 蛋白互作

32060733314605803166063731660650

2022

10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2022.05.011

福建农林大学学报(自然科学版)
福建农林大学

福建农林大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.582
ISSN：1671-5470
年,卷(期)：2022.51(5)
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