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建始槭叶绿体基因组密码子使用偏性分析

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利用CodonW1.4.2和CUSP在线程序,系统分析了50条建始槭叶绿体基因密码子的使用模式及其成因.结果表明:建始槭叶绿体基因组密码子的碱基组成呈GC3<GC2<GC1,说明其密码子偏爱以A、T结尾;有效密码子数(ENC)为37.96～56.37,同义密码子相对使用频率(RSCU)>1的密码子有30个,除UUG外,其余都以A、U结尾,以上说明其密码子使用偏性不强,且偏爱以A、U结尾.中性绘图分析显示,GC12和GC3相关系数为0.0132,相关性不显著;ENC-plot分析显示有64％的基因分布在-0.05～0.05区间外;PR2-plot分析显示碱基在密码子上的使用频率呈C>G、T>A的分布趋势;筛选出最优密码子16个.综上所述,建始槭叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响.
Codon usage bias of chloroplast genome in Acer henryi

赵月梅、杨贵清、徐其碧、尹鑫、徐林、丁波

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贵州师范学院生物科学学院,贵州 贵阳550018

建始槭 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子

319002732019BS006S202114223051黔林科合[2017]01号

2022

10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2022.06.011

福建农林大学学报(自然科学版)
福建农林大学

福建农林大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.582
ISSN：1671-5470
年,卷(期)：2022.51(6)
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