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太子参转录组中SSR位点信息分析及其多态性分析

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为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法.本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11 297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11 297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT.在此基础上设计、筛选得到16 821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8 706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%.太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景.
Analysis on SSR Loci Information in Transcriptome of Pseudostellaria heterophylla and Its Polymorphism

韦德群、周涛、江维克、李军、张成刚

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贵阳中医学院,贵阳,550025

太子参 SSR 转录组 位点信息

国家自然科学基金国家中药标准化项目

81460579ZYBZH-Y-ZY-45

2018

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:0.765
ISSN:1672-416X
年,卷(期):2018.16(23)
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