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基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计

Analysis of SSR Distribution Characteristics and Primer Design of Lycium ruthenicum Murr.Based on Transcriptome

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为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律,为西北特有的珍稀种质资源的保存及合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据,本研究利用Illumina Hi SeqTM 4000高通量测序平台对黑果枸杞进行RNA-seq测序,再通过专业数据分析MISA对测序所获得的Unigene进行SSR深入挖掘和特征分析.结果 显示,黑果枸杞转录组测序共获得101 466条Unigenes,筛选搜索到含SSR位点的序列15 494条,共得到20 269个SSR,发生频率为19.98％.平均约每4kb出现1个SSR位点.黑果枸杞SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复,分别占SSR总数的74.83％和12.68％,在统计的46种重复类型中(C/G)n所占比例最高(14652,72.15％),其次是(AG/CT)n(1 195,5.90％)、(AT/AT)n(3.72％)和(AC/GT)n(3.04％).在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为三碱基重复(15～39 bp),其次是单碱基重复(10～32 bp),SSR位点的频率与分布长度呈负相关.黑果枸杞转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富,分布密度大,具有较高的特异性和多态性,为研究黑果枸杞的遗传多样性及分子标记辅助育种等方面提供可靠的理论依据.

郝广婧、祁银燕、张得芳、朱春云

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青海大学农牧学院,西宁,810016

青海省农林科学院,青海省高原林木遗传育种重点实验室,西宁,810016

青海大学农林科学院,西宁,810016

青海省农林科学院,西宁,810016

青海大学,三江源生态与高原农牧业国家重点实验室,西宁,810016

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黑果枸杞(Lycium ruthenicum) 转录组 SSR特征 引物设计

本研究由国家自然科学基金地区科学基金本研究由国家自然科学基金地区科学基金青海省基础研究计划项目青海省基础研究计划项目青海省高原作物种质资源创新与利用重点实验室开放课题青海高原农业植物种质资源保护平台建设

316602212018-ZJ-7132014-03和2017-ZJ-Y41共同资助

2019

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2019.17(13)
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