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基于高通量测序的芍药属杂交种胚转录组分析

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为了研究牡丹、芍药远缘杂交胚败育的分子机理,本研究使用BGISEQ-500平台对牡丹、芍药杂交种胚转录组进行测序,通过测序,共得到了92.02 Gb数据.通过拼接组装去冗余后得到了86 195个Unigene,平均长度为1 189bp.86 195个Unigene在七大功能数据库中进行注释,最终分别有49 172 (NR:57.05％)、38 352(NT:44.49％)、36 477 (SwissProt:42.32％)、38 905 (KOG:45.14％)、37 993 (KEGG:44.08％)、26 832 (GO:31.13％)以及37 758 (Pfam:43.81％)个Unigene获得功能注释.同时还检测出21 998个SSR分布于17 567个Unigene中,其中二核苷酸和三核苷酸这两种重复类型分别有5 628个和2 906个.在17 567个Unigene中预测出1 671个编码转录因子.不同发育时期的胚转录组数据中共筛选出13 974个差异表达基因,其中上调基因有8 647个,下调基因有5 327个.该转录组测序分析为寻找牡丹、芍药远缘杂交胚败育相关基因提供了一定的理论参考.
Transcriptome Data Analysis of Hybrid Embryo of Paeonia based on High throughput Sequencing

贺丹、苏晓迪、何松林、张佼蕊、谢栋博、王政、刘艺平、张曼

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河南农业大学林学院,郑州,450002

河南科技学院园艺园林学院,新乡,453003

芍药(Paeonia lactiflora) 种胚 高通量测序 转录组

本研究由国家自然科学基金本研究由国家自然科学基金河南农业大学科技创新基金河南农业大学博士启动基金

3160056831140057KJCX2015A0330600408共同资助

2020

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2020.18(2)
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