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基于限制位点相关的DNA (RAD)测序技术检测甜菜多态性

Polymorphism Detection in Beets Based on Restriction-Site-Associated DNA (RAD) Sequencing Technology

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甜菜是一种重要的糖料作物,占世界糖来源的1/3.甜菜品种改良的主要障碍是其遗传变异小、遗传资源有限.在本研究中,我们使用限制性位点相关DNA (restriction-site-associated DNA,RAD)测序技术,在全基因组范围内搜寻20种甜菜基因型的SNPs和SSRs.根据有效限制性酶切片段(restriction fragment,RE)的GO注释,发现7 144个与“生物过程”有关,4 378个与“细胞组份”有关,3 763个与“分子功能”有关.采用多重比对方法,鉴定出甜菜含有38 884 682 SNP位点.这些SNP成功地揭示了甜菜基因型间的遗传关系.此外,在RAD酶切序列中也鉴定出了17 916个SSR位点.甜菜基因组中最常见的SSR序列为二核苷酸(6 019,33.60％),其次是单核苷酸4 321 (24.11％),再次是三核苷酸3 597 (20.07％).RAD测序技术使甜菜分子标记的快速全基因组发现成为可能.本研究所鉴定的大量SNP和SSRs位点,对构建甜菜高密度遗传连锁图谱、QTL分析、标记辅助选择和比较研究具有重要意义.

刘蕊、董宇飞、刘乃新、吴玉梅

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黑龙江大学农作物研究院,哈尔滨150080

青海大学农牧学院,青海省农林科学院土壤肥料研究所,西宁,810016

黑龙江大学生命学院,哈尔滨,150080

东北林业大学园林学院,哈尔滨,150080

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甜菜(Beta vulgaris L.) 限制性位点相关DNA SNP 遗传多样性

国家现代农业产业技术体系(糖料)建设专项国家农产品质量安全风险评估专项经费国家科技基础条件平台项目

CARS-17-0503GJFP2018010002NICGR2019-17

2020

10.13271/j.mpb.018.005020

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2020.18(15)
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