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木本油料植物光皮树叶片转录组测序与分析

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用Illumina HiSeq测序平台技术,对光皮树叶片进行转录组测序分析,经组装获得36 839条Unigene,与NR、String、 Swissprot、KEGG等数据库进行比对注释,25 857条Unigene得到注释,注释率为70.09％.光皮树叶片转录组Unigene在Pfam、NR、String、 Swissprot、KEGG、KOG、GO等数据库中被注释的基因数目分别为14 776、25 758、13 761、16 900、10 575、9 656、15 286.注释结果显示,光皮树与葡萄同源的序列最多,GO和KOG将其分成3大类别58个小组和3个功能类别;根据KEGG,13 114条Unigene参与了33类代谢途径.采用软件MISA对Unigene进行SSR检测,36 839条中有8 945条有SSR,共搜索到10 828个SSR位点,SSR长度范围在10～329 bp,平均长度为22.69bp.SSR丰富度最高为二核苷酸,占所有SSR的58.07％,其次为一核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的27.02％和13.36％.本研究,通过光皮树叶片转录组测序,获得了大量基因序列,了解了光皮树基因的大致表达情况,同时为今后开发和利用光皮树、分子生物学标记、光皮树基因组的测序与组装提供了数据参考,也为后续光皮树在分子生物学研究、光皮树核心种质构建以及定向育种等领域提供了依据.
Sequencing and Analysis of Transcriptome on Leaf of Swida wilsoniana of the Woody Oil Plant

周宵、彭映辉、陈景震、蒋丽娟、李昌珠、姚茂华、向祖恒、张良波

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中南林业科技大学生命科学与技术学院,长沙,410002

湖南省林业科学院生物能源研究所,长沙,410004

湖南省龙山县林业局,湘西,416800

北京林业大学生物科学与技术学院,北京,100083

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光皮树(Swida wilsoniana) 转录组 测序 基因注释 SSR

湖南省重点研发计划项目湖南省重点研发计划项目国家外国专家项目计划长株潭国家自主创新示范区专项国家光皮树山苍子良种基地良种繁育补助项目

2017WK20212018NK2044GS201901290022018XK2005湘财资环指201915号

2020

10.13271/j.mpb.018.006305

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2020.18(19)
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