为分析蒙古韭叶绿体基因组密码子的使用模式,本研究通过高通量测序获得了蒙古韭叶绿体基因组序列,从中筛选出52条蛋白编码序列(codingsequence,CDS),利用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP进行密码子使用模式及偏好性成因分析.结果显示,蒙古韭叶绿体基因组的有效密码子数(effective number of codons,ENC)范围为36.94～52.61,表明密码子偏好性较弱;第3位的GC平均含量(GC3)为27.63％,表明密码子第3位偏好于A和U结尾,与该植物叶绿体基因组同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)的研究结果相一致;相关性分析显示ENC与GC3呈极显著正相关,表明第3位的GC含量对密码子偏好性影响较大;此外,7个密码子(UUG,GGA,CCA,UAU,AAU,CGA和UCA)被确定为蒙古韭叶绿体基因组的最优密码子.中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析表明蒙古韭叶绿体基因组密码子偏好性受到突变压力和选择压力的综合作用,其中选择压力的影响更大.
Analysis of the Codon Usage Bias in the Chloroplast Genome of Allium mongolicum Regel
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