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基于SLAF-seq技术的闽楠SNP标记开发及遗传多样性分析

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利用简化基因组测序技术SLAF-seq,对广泛分布在长江以南地区8个省份的33份闽楠种质进行SNP标记开发、指纹图谱构建和遗传多样性分析.本研究对各样品的测序数据进行统计,共获得107.52 Mb Clean Reads数据,每个样品的SNP标记数目介于309 012～540 030之间,样本平均测序质量值Q30为93.78％,平均GC含量为40.90％.共获得1 072 115个SLAF标签,其中多态性SLAF标签275 389个.通过序列分析,获得121 352个有效的单核苷酸多态性标记(SNP);经过指纹图谱严格的过滤条件,筛选出3 452个SNP位点作为指纹图谱SNP.利用开发的SNP分子标记,将33份闽楠种质资源分为3个亚群,这3个亚群分别包含材料为Q1:17个,Q2:11个,Q3:5个.通过进一步过滤,获得270个核心SNP标记作为指纹图谱的核心标记,可用于品种种质的鉴定.研究结果表明,简化基因组测序技术SLAF-seq能高效、低廉地开发出大量SNP标记,是一种适用于闽楠种质资源遗传分析的有效工具;利用筛选出的核心SNP分子标记构建闽楠DNA指纹图谱,为SNP分子标记应用于闽楠种质鉴定、闽楠品种改良与优质品种选育提供依据,也有利于闽楠种质的高效利用及杂种优势群的建立.
Marker Development and Analysis of Genetic Diversity of Phoebe bournei Germplasms Using SLAF-seq Technology

李娟、林建勇、欧汉彪、刘雄盛、姜英、梁瑞龙

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广西壮族自治区林业科学研究院,国家林业局中南速生材繁育实验室,广西优良用材林资源培育重点实验室,南宁,530002

闽楠 SLAF-seq SNPs标记 指纹图谱 遗传多样性

桂AB17292066桂AB16380092

2021

10.13271/j.mpb.019.004517

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2021.19(13)
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