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基于简化基因组测序(SLAF-seq)对贵州辣椒品种亲缘关系分析

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为研究贵州地方辣椒品种亲缘关系以及开发其特异性SNPs标记,最终为实现创制贵州辣椒种质、优化育种策略和构建地方辣椒种质优势群体提供理论依据,本研究以收集的30份贵州地方辣椒品种为材料,利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对其进行测序、分析,同时以'遵辣1号'基因组为参考基因组,以粳稻(Oryza sativa spp.Japonica)'日本晴'为对照基因组,挖掘和开发贵州地方辣椒种质的特异SNPs标记.结果 表明,从30份辣椒种质中共获得133.54 Mb读长数据,与'日本晴'基因组数据双端比对效率高达96.28％,与参考基因组相比酶切效率为93.47％;进一步分析发现,测序平均Q30为93.47％,平均GC含量为39.45％,共筛选到127064个SLAFs标签.系统进化树和PCA分析表明,30份贵州地方辣椒种质可能源自同一祖先,之后随着进化、演替以及人工选育引起了这些辣椒种质发生了分化.同时,这30份辣椒种质大致可分为3个亚类,其中虾子辣椒、绥阳朝天椒和黄杨小米辣等朝天椒可归属为一类,而线椒品种(六枝辣椒和独山线椒)和皱椒品种(黔西辣椒和平塘辣椒)分别属于不同的两大类.
Genetic Analysis of Guizhou Pepper Based on Simplified Genome Sequen-cing (SLAF-seq)

宋拉拉、赵丹、苏丹、金学欢、夏忠敏、胡明文、秦利军

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贵州省农业科学院辣椒研究所,贵阳,550025

贵州大学,山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室,农业生物工程研究院,贵阳,550025

贵州省土壤肥料工作总站,贵阳,550001

辣椒 简化基因组测序 亲缘关系 单核苷酸多态性

贵州省科技计划贵州省科技计划贵州大学山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室开放基金省级十二个农业特色辣椒产业专班经费项目(第一批)

[2019]2261号黔科合支撑[2020]1Y086号MOELP-2018052021108号

2021

10.13271/j.mpb.019.007995

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2021.19(23)
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