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薄壳山核桃全基因组SSR分析及多态性引物筛选

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通过对薄壳山核桃开展全基因组SSR位点分析,开发稳定可靠的多态性SSR引物,为薄壳山核桃遗传多样性分析、重要性状QTL定位、分子标记辅助育种以及良种分子鉴别等研究提供遗传标记信息.本研究采用Misa软件查找薄壳山核桃基因组微卫星,在651 Mb碱基序列中获得886119个SSR位点.利用Primer 3.0在524065个SSR位点成功设计了引物.从长度大于1Mb的不同scaffold上,随机选取50对引物合成,其中40对引物可以成功扩增.采用8个不同品种的薄壳山核桃进行引物多态性检测,发现重复序列长度≥20 bp的引物多态性达58.8％,显著高于重复序列长度＜20bp引物的31.8％.利用毛细管电泳对聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选的多态性引物进行验证,发现9％非变性凝胶电泳的分辨率小于4bp.本研究构建了薄壳山核桃全基因组SSR数据库,筛选了16对多态性SSR引物,为薄壳山核桃品种分子鉴别提供了重要的遗传标记,同时也为开展植物品种分子鉴别的方法提供了重要参考.
Whole Genome SSR Analysis and Polymorphic Primer Screening in Carya illinoinensis

戴晓港、房芝馨、胡雪纯、韩峭子、郭瑞瑞、谷瑞、李淑娴

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南京林业大学林学院,南方杨树工程技术研究中心,江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室,南京,210037

薄壳山核桃(Carya illinoinensis 基因组 微卫星 引物多态性

国家自然科学基金南京林业大学大学生实践创新训练计划

31500533201910298100Y

2021

10.13271/j.mpb.019.008199

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2021.19(24)
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