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薏苡基因组SSR标记开发与应用

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为开发高效的薏苡分子标记,加速薏苡种质资源评价和分子育种进程,本研究以贵州地方品种'小白壳'全基因组序列为基础,在薏苡基因组序列上识别出7 872 192个SSR位点,平均0.2 kb出现一个SSR位点.其中,单核苷酸为主要重复类型,占总SSR的98.42％,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的0.76％和0.74％.6种核苷酸基元的重复次数主要在5～6次,所占比例分别为74.27％和15.17％.以三核苷酸重复基元为对象,随机选择均匀分布在薏苡基因组的200个SSR位点,利用毛细管电泳技术在9个不同类型薏苡材料中对SSR标记的有效性进行检测.结果表明,173对引物有扩增产物,47对引物能够获得清晰的目的条带且具有多态性,有效引物率为23.5％.每对引物平均等位基因数为3.3,PIC值为0.20～0.84,平均为0.60.本研究结果表明薏苡全基因组SSR标记数量丰富,类型多样,开发的具有多态性的标记为薏苡种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种提供了有力工具.
Development and Application of Genomic SSR Markers in Coix lacryma-jobi L.

杜磊、蒙秋伊、尚昆、李秀诗、杨玲玲、付瑜华

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贵州大学农学院,贵阳,550025

贵州省农业科学院,贵州省亚热带作物研究所,兴义,562400

薏苡(Coix lacryma-jobi) 全基因组序列 SSR 分子标记开发

国家自然科学基金国家自然科学基金两江一河热带(亚热带)精品果树产业发展项目

3156042031801435黔农科院精品水果产业专项[2021]01号

2022

10.13271/j.mpb.020.000887

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2022.20(3)
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