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椰子开花相关miR156和靶基因SPL特征分析

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为了揭示椰子CnumiR156基因家族的进化过程和表达模式,对CnumiR156家族9个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测,找出开花途径靶基因,并结合转录数据对这差异表达的CnumiR156和开花途径靶基因进行RT-qPCR验证.序列比对发现不同的前体序列可产生相同序列的成熟miR156;进化树结果表明,CnumiR156-1和CnumiR156-3的亲缘关系较近,CnumiR156-2和CnumiR156-5的亲缘关系较近,CnumiR 156-4和CnumiR156-9的亲缘关系较近;靶基因预测结果表明,CnmiR156-3/-6的靶基因主要是SQUAMOS启动子结合蛋白家族;转录组数据结果分析得到,CnumiR156-3、CnumiR156-6、CnumiR156-9在'本地高种'和'黄矮'苗期的表达量要高于在其对应成熟期的表达,开花途径靶基因CnSPL(CCG024262.1)和CnSPL(CCG019030.1)在'本地高种'和'黄矮'成熟期的表达量要高于在其对应苗期的表达;CCG024262.1和CCG019030.1的定量结果与转录组结果基本相符.本研究通过生信分析与实验验证对CnumiR156和开花途径靶基因CnSPL的序列特征与表达模式进行分析,给CnumiR156和靶基因CnSPL的功能研究提供理论基础,为椰子的生物育种提供一个新的思路.
Analysis of Characteristics of Coconut Flowering Related miR156 and Target Gene SPL

冯雅兰、肖勇、王永、张大鹏、石鹏、夏薇、孙熹微

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海南大学热带作物学院,海口,570100

中国热带农业科学院椰子研究所,海南省热带油料作物生物学重点实验室,文昌,571339

中国热带农业科学院三亚研究院,三亚,572000

椰子(Cocos nucifera L.) miR156 靶基因 开花

海南省重大科技计划海南省科技合作项目

zdkj201902ZDYF2020215

2022

10.13271/j.mpb.020.003894

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2022.20(12)
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