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金佛山方竹笋箨转录组SNP和SSR位点信息分析

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金佛山方竹是中国西南地区特有的笋用竹种,目前关于金佛山方竹品种选育的研究还不够完善.本研究对金佛山方竹3个发育部位笋箨进行转录组测序,利用Varscan和MISA程序分析、比较转录组序列中SNP和SSR的特征.研究表明,99 744条Unigene序列中含有18 560个SSR,发生频率为15.22％,重复基元共181种,SSR位点以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元为主,合计占比96.57％,基元长度在12～20 bp的SSR占比53.28％,具有中等多态性.设计共获得14 888对SSR引物.搜索到的SNP位点分别为CK-S:536 642个、CK-Z:552 763个、CK-X:523 844个,SNP的主要类型是转换型,共计506 057个.金佛山方竹笋箨转录组测序得到的SSR和SNP位点数量多、多态性好、类型丰富,可以为金佛山方竹的品质鉴定、分子辅助育种、遗传多样性分析等提供一定的理论依据.
Analysis of SNP and SSR Locus Information of the Chimonobambusa utilis Shoot Shell Transcriptome

朱潇、代朝霞、刘艳江、伍明理

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贵州大学生命科学学院,农业生物工程研究院,山地植物资源保护与保护种质创新教育部重点实验室,山地生态与农业生物工程协同创新中心,贵阳,550025

贵州大学竹类研究所,贵阳,550025

贵州大学林学院,贵阳,550025

金佛山方竹笋箨 转录组 SNP SSR

2015BAD04B0204黔教合KY[2019]062

2022

10.13271/j.mpb.020.008152

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2022.20(24)
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