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金丝李叶绿体基因组序列分析

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金丝李(Garcinia paucinervis)是集材用、观赏、药用多种用途的珍贵树种,具有较高的经济价值.为揭示金丝李叶绿体基因组结构特点以及系统发育位置,本研究利用IlluminaHiSeqTM4000平台对其叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学方法分析其序列结构、基因特征、重复序列等,并构建系统发育树.结果表明,金丝李叶绿体基因组全长为157 649 bp,含有85 935 bp的大单拷贝(LSC)、17 738 bp的小单拷贝(SSC)以及一对26 988 bp反向重复(IRs)区.不同区域GC含量差异明显,大小依次为IR＞LSC＞SSC.该种共编码126个基因,包括81个编码蛋白基因(PCGs)、37个tRNA基因(tRNAs)和8个rRNA基因(rRNAs).共鉴定出96个SSR,以单碱基重复为主,且偏好碱基A和T.金丝李IR边界无明显的扩张或收缩,但位于IR区边界的基因有差异;系统发育树显示金丝李与同属的莽吉柿(Garcinia mangostana)、大果藤黄(Garcinia pedunculata)、岭南山竹子(Garcinia oblongifolia)、棱果藤黄(Gareinia gummi-gutta)聚在同一分支上,且与岭南山竹子和棱果藤黄关系较近.本研究为金丝李的分子标记开发、种间遗传多样性以及系统发育研究提供一定的参考.
Analysis on Chloroplast Genomic Characterization of Precious Garcinia paucinervis

梁喜献、庞洁、谭长强

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广西农业职业技术大学城乡建设学院,南宁,530007

广西财经学院管理科学与工程学院,南宁,530007

广西壮族自治区林业科学研究院,广西优良用材林资源培育重点实验室,南宁,530002

金丝李 叶绿体基因组 SSR 系统发育

中央财政林业科技推广示范项目

[2022]TG23号

2023

10.13271/j.mpb.021.003214

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2023.21(10)
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