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辣椒和番茄PIF基因家族密码子偏好性分析

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本研究选取辣椒和番茄两种茄科作物的光敏色素互作因子(phytochrome-interacting factors,PIF)基因家族为研究对象,利用CodonW和CUSP等软件,分析这两种作物PIF基因家族的密码子偏好性.结果发现:辣椒和番茄PIF基因家族的密码子偏好性都较弱,大多数PIF基因家族成员都偏好以A或T(U)结尾,而CaPIF8和SlPIF8a偏好以C结尾;在辣椒中鉴定出30个高频密码子,番茄中鉴定出27个高频密码子,两者的高频密码子均偏好以A或T(U)结尾,其中偏性最强的密码子均为AGA;两者PIF基因家族密码子同义密码子第3位碱基GC含量(GC3s)均与有效密码子数(ENC)呈显著相关性;RSCU聚类分析结果也与CDS聚类结果基本一致;从ENC-plot、偏倚分析(PR2-plot)、中性绘图可以判断碱基突变与自然选择均会影响密码子使用,但自然选择的影响更大.本研究为日后辣椒和番茄的PIF基因家族功能验证提供一定的理论依据.
Codon Bias Analysis of PIF Gene Family in Pepper and Tomato

TomatoPepperPIF gene familyCodon bias

陈悦、仇学文、李钰、陈金印、杨有新、余婷

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江西农业大学农学院,江西省果蔬采后处理关键技术与质量安全协同创新中心,江西省果蔬保鲜与无损检测重点实验室,南昌,330045

番茄 辣椒 PIF基因家族 密码子偏好性

江西省主要学科学术和技术带头人培养计划青年人才项目江西省现代农业产业技术体系建设专项

20204BCJL23044JXARS-06

2023

10.13271/j.mpb.021.005602

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2023.21(17)
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