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5种冰草叶绿体基因组密码子偏好性分析

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本研究从5种冰草叶绿体基因组中各筛选出52条蛋白编码序列,利用CodonW、SPSS、EXCEL等软件对其进行密码子偏好性使用模式分析.结果显示,在RSCU分析结果中,共有31个高频密码子,有28个是以A/U结尾,密码子偏好性在冰草叶绿体基因组中的表现较弱.中性分析结果显示,自然选择在冰草叶绿体基因组密码子偏好性发挥作用;在有效密码子数的结果中,偏好性多受突变影响:PR2-plot分析结果,大部分基因由选择调控.此外筛选出8个高频高表达的最优密码子,分别为CGA、UUG、UCA、GAU、UUU、UCC、GGA、ACA.冰草叶绿体基因组密码子偏好性种间差异不显著,且根据中性分析、ENC-plot、PR2-plot分析密码子偏好性可能受多种因素共同作用.最优密码子的选择,为冰草叶绿体基因组工程中外源性基因表达效率的提高奠定基础.
Analysis of the Codon Usage Bias in the Chloroplast Genome of Five A gropyron Species

A gropyronChloroplast genomeCodonCodon usage bias

韩慧杰、邱锐、刘叶飞、周昕越、高翠萍、赵彦

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内蒙古农业大学草原与资源环境学院,呼和浩特,010018

冰草属 叶绿体基因组 密码子 密码子偏好性

内蒙古自治区关键技术攻关项目内蒙古自治区关键技术攻关项目"科技兴蒙"重点专项—科技兴蒙—草种业技术创新中心项目(2020)

2019GG3522020GG01762

2023

10.13271/j.mpb.021.006010

分子植物育种
海南省生物工程协会

分子植物育种

CSTPCD北大核心
影响因子：0.765
ISSN：1672-416X
年,卷(期)：2023.21(18)
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