鸡球虫病是由艾美耳球虫引起的,这种感染为产气荚膜梭菌提供了生长优势,经常导致鸡坏死性肠炎.改善鸡体内的细菌组成是缓解球虫病负面影响的一种方法,近年来鸡肠道健康的许多试验都包含细菌群落的特征研究.本试验Meta分析综合了球虫/产气荚膜梭菌感染后肉鸡肠道微生物群的研究数据,为今后的研究提供基础.数据分析的纳入标准是试验包含感染一种或两种病原体的组和未感染的对照组,采用16SrRNA Illumina测序以及包含有效的原始数据,总共可纳入的研究有17项.本研究对3个不同的数据集进行了 meta分析:第1个数据集是仅感染球虫的9个试验数据;第2个数据集是仅感染产气荚膜梭菌的4个研究数据;第3数据集是同时感染球虫和产气荚膜梭菌的8个试验原始数据,使用SIAMCAT和meta软件包对数据集的相对丰度和α-多样性进行了 meta分析.通过单一球虫感染、单一产气荚膜梭菌感染和合并感染的试验分析,本研究鉴定出有价值的单元分别为23个、2个和29个.通过对球虫感染试验和合并感染试验的分析,发现13个单元有重叠.然而机器学习也无法在3个数据集中的任何1个分析中找到预测微生物群变化的模型.功能图谱的Meta分析显示,对感染的响应普遍一致,许多途径的相对丰度发生显著变化,α-多样性并不受单一病原菌或组合感染的影响.综上所述,尽管球虫感染对微生物群的影响似乎比产气荚膜梭菌感染更大,但肠道微生物群的非均一性研究使得识别共同趋势非常困难.未来研究需要采用宏基因组学技术来关注这些因感染而改变的微生物功能.
万方数据
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