基于特征性SNP鉴定mRNA在柑橘砧穗间的转移

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中文摘要：[目的]以红夏橙和枳为试材鉴定柑橘砧穗间mRNA的可传递性.[方法]对建立的红夏橙/枳和枳/枳2个砧穗嫁接组合的接穗和砧木分别进行转录组测序;然后将组装的枳转录组与前人发布的红夏橙转录组进行比对分析,以获得的红夏橙和枳基因组各自的特征性SNP为评判标准,获得从红夏橙转移到枳和从枳转移到红夏橙的候选mRNA;对这些候选mRNA进行SNP-RT-PCR验证.[结果]通过比对红夏橙和枳的转录组与基因组数据得到两者间的特征性SNP位点共254580个,并以此为标准选出30个可从红夏橙转移到枳候选mRNA,及24个可从枳转移到红夏橙的候选mRNA.对候选mRNA进一步验证得到3个可转移的mRNA,随后进行功能预测发现从红夏橙转移到枳的mRNA其基因Cs2g16070.1编码1个邻甲基转移酶;从枳转移到红夏橙中的mRNA其基因Pt2g028010.4编码1个泛素蛋白连接酶UPL5;另一个从枳转移到红夏橙中的mRNA其基因Pt3g020940.1编码1个尿苷二磷酸糖基转移酶.[结论]枳砧木中有2个基因(Pt2g028010.4和Pt3g020940.1)编码的mRNA可转移到红夏橙接穗;红夏橙接穗中有1个基因(Cs2g16070.1)编码的mRNA可转移到枳砧木.

外文标题：Identification of mRNA transfer between citrus rootstock and scion based on characteristic SNP

作者：

邓立乐、周凡沁、潘志勇

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作者单位：

华中农业大学园艺林学学院·园艺植物生物学教育部重点实验室,武汉 430070

关键词：

柑橘砧穗互作 SNP 可传递mRNA

基金：

国家重点研发计划国家重点研发计划国家柑橘产业技术体系建设项目国家自然科学基金

项目编号：

2018YFD10001032020YFD1000102CARS-2632172515

出版年：

2022

DOI：

10.13925/j.cnki.gsxb.20220211

果树学报

中国农业科学院郑州果树研究所

果树学报

CSTPCDCSCD北大核心

影响因子：1.486

ISSN：1009-9980

年,卷(期)：2022.39(12)

参考文献量3