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葡萄PLATZ家族基因鉴定及其在种子发育过程中的表达分析

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[目的]鉴定葡萄PLATZ(Plant AT-rich sequence and zinc-binding protein)家族转录因子,并探究其在种子发育过程中与IAA处理下的表达模式变化.[方法]基于葡萄基因组数据,通过多种生物信息学方法对葡萄PLATZ家族成员进行鉴定和分析,利用qRT-PCR分析其在葡萄种子不同发育时期及IAA处理下的表达模式.[结果]葡萄全基因组范围内共鉴定到13个PLATZ成员,分布于9条染色体上.系统进化分析结果表明,葡萄PLATZ蛋白成员分为4组(A、B、C、D),无其他物种聚类的E组成员.蛋白保守基序分析表明葡萄PLATZ蛋白具有较强保守性,内含子-外显子分布表明葡萄PLATZ基因在进化上具有多样性.同线性分析发现,VvPLATZ7～VvPLATZ8和VvPLATZ5～VvPLATZ11存在并联重复.顺式作用元件分析发现该基因家族的启动子包含生长发育、光响应、激素响应及胁迫响应相关作用元件.qRT-PCR结果分析表明,VvPLATZ5在无核葡萄种子发育过程中表达水平显著高于有核葡萄,VvPLATZ2和VvPLATZ6在有核葡萄种子发育过程中表达水平显著高于无核葡萄;8个VvPLATZ基因均响应IAA处理,且VvPLATZ5和VvPLATZ12基因在处理后6 h表达水平上调幅度显著.[结论]在葡萄基因组共鉴定到13个PLATZ基因,进化上同组成员保守基序数目及类别具有保守性,基因内含子-外显子结构具有多样性.PLATZ基因在有核、无核葡萄种子发育不同时期表达模式存在差异,且显著响应IAA处理,推测其在葡萄种子发育过程中发挥作用.
Genome-wide identification of grape PLATZ family genes and expression analysis during seed development

向锐、孙艺萌、梁晨、师校欣、杜国强、王莉

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河北农业大学园艺学院,河北保定 071000

葡萄 PLATZ 生物信息学 种子发育 表达分析

河北省高等学校科学技术青年基金河北省青年科学基金现代种业科技创新专项河北省现代农业产业技术体系建设项目

QN2020232C202120414621326310DHBCT2018100204

2023

10.13925/j.cnki.gsxb.20220247

果树学报
中国农业科学院郑州果树研究所

果树学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.486
ISSN：1009-9980
年,卷(期)：2023.40(1)
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