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基于SNP和InDel标记的余甘子群体遗传分析

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[目的]采用高通量测序技术解析余甘子种质资源的群体遗传结构和遗传多样性,为余甘子系统分类、遗传资源创新利用提供理论基础.[方法]利用ddRADseq技术对112份余甘子种质资源进行高通量简化基因组测序,利用Cutadapt和Trimmomatic软件对原始数据进行过滤,筛选得到高质量测序数据;使用MUNEAK软件进行多态性标记发掘,基于获得的SNP和InDel标记,进行群体结构分析、主成分分析、系统发育分析及遗传多样性分析.[结果]余甘子测序样品共获得8934个SNP和InDel标记,群体结构分析将余甘子种质分为2个类群,类群划分与种质来源地相关,该结果与主成分分析和系统发育分析相一致.余甘子各种质间遗传距离为0.027～0.459,平均遗传距离为0.248;云南地区的余甘子种质的期望杂合度、观测杂合度及多态性信息含量值最高,依次为0.267、0.184及0.218;余甘子群体间的Fst在0.080～0.266之间,群体遗传分化程度中等偏高.[结论]该测序技术可有效地解析余甘子种质的群体结构和遗传多样性,为余甘子种质资源的鉴定评价、系统分类及遗传多样性研究提供参考.
Population and genetic analysis of Phyllanthus emblica by SNP and InDel markers

普天磊、金杰、何璐、瞿文林、廖承飞、袁建民、罗会英、赵琼玲

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云南省农业科学院热区生态农业研究所·元谋干热河谷植物园,云南元谋 651300

余甘子 SNP InDel 群体结构 遗传多样性

科技部重点研发计划&&云南省重大科技专项云南省科技厅科技计划项目云南省农业科学院热区生态农业研究所人才培养项目

2017YFC0505106-12017YFC0505102202002AA100007202204BP0900172022RQS004

2023

10.13925/j.cnki.gsxb.20220474

果树学报
中国农业科学院郑州果树研究所

果树学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.486
ISSN：1009-9980
年,卷(期)：2023.40(5)
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