基于SLAF-seq技术的不同类型越橘遗传变异和群体结构研究

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中文摘要：[目的]利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据.[方法]以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上,进行供试材料遗传研究.[结果]测序获得169.87 Mb reads数据,平均Q30值94.99％,包含172513个多态性SLAF标签,筛选到高质量SNP标记4133595个,均匀分布在越橘12条染色体上.基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系,反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著,供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生,但野生种到栽培种存在单向的基因流;栽培品种类群存在明显的亚群结构,亚群间存在普遍的基因交流;半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类,矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种.[结论]栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品种间基因交流频繁、同质性高、遗传基础狭窄,野生种具有独立的遗传背景,但存在野生种到栽培种的单向基因流,应加大野生资源发掘利用以拓宽越橘遗传基础.

外文标题：Genetic variation and structure analysis of different type blueberries (Vaccinium spp.) based on SLAF-seq technology

外文关键词：

BlueberrySLAF-seqSNPGenetic structure

作者：

刘有春、李嘉琦、魏鑫、杨艳敏、张舵、王兴东、孙斌、杨玉春、王升、高树清、王宏光、徐艺格、袁兴福、刘成

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作者单位：

辽宁省果树科学研究所,辽宁营口 115009

辽宁省农业科学院,沈阳 110161

关键词：

越橘 SLAF-seq技术 SNP 遗传群体结构

基金：

国家现代农业产业技术体系专项辽宁省"揭榜挂帅"科技攻关专项

项目编号：

CARS-29-yc-102021JH1/10400036

出版年：

2023

DOI：

10.13925/j.cnki.gsxb.20230008

果树学报

中国农业科学院郑州果树研究所

果树学报

CSTPCDCSCD北大核心

影响因子：1.486

ISSN：1009-9980

年,卷(期)：2023.40(8)

参考文献量9