摘要
[目的]基于第三代高通量测序技术——单分子实时(SMRT)测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记,为凡纳滨对虾的遗传育种研究提供基础资料.[方法]采用SMRT测序对凡纳滨对虾转录组进行测序,经Illumina测序纠错后利用MISA对获得的转录组数据进行分析;以Primer 3.0设计微卫星引物,随机挑选40对微卫星引物进行PCR扩增验证,并选用扩增成功且具有多态性的微卫星引物用于不同养殖家系凡纳滨对虾遗传多态性分析.[结果]凡纳滨对虾转录组SMRT测序共获得51367条非冗余全长转录本序列,鉴定出39674条微卫星序列;微卫星的分布密度为0.232 SSR/kb;以二核苷酸重复微卫星序列分布最多,共有22223条(占56.01％).随机选取的40对微卫星引物中有26对微卫星引物能成功扩增出特异性条带;微卫星荧光分型结果显示,有16个微卫星位点具有多态性,共获得67个等位基因,平均等位基因数(Na)为4.2个,计算获得的平均观测杂合度(Ho)为0.511,平均期望杂合度(He)为0.451,平均多态性信息含量(PIC)为0.489.在16个微卫星位点中,有2个微卫星位点为低度多态性(PIC<0.25),6个微卫星位点为中度多态性(0.25<PIC<0.50),其余8个微卫星位点为高度多态性(PIC>0.50);有4个微卫星位点偏移Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),其余12个微卫星位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).[结论]采用SMRT测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记是一种简单而高效的途径,有助于开展凡纳滨对虾的遗传育种研究工作.
基金项目
广西创新驱动发展专项(桂科AA17204088-1)
农业基础性长期性科技工作国家渔业科学数据中心观测检测项目(ZX08S211664)
广西水产畜牧兽医局科技计划项目(桂渔牧科201633015)
广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室自主研究项目(17-A-04-04)
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