摘要
[目的]构建猪基因表达调控数据库(GereDB),为从基因水平解释猪的生长发育规律、遗传育种和疾病防控等提供科学依据.[方法]从NCBI下载小鼠和猪的RNA序列原始数据进行序列比对,根据序列同源性将小鼠的基因表达调控信息转移给猪,并建立猪基因表达调控信息网络,整理加工后根据区域结构,以Linux为操作系统、Apache为Web服务器、MySQL为数据库、Python为服务器端脚本解释器构建猪GereDB数据库.[结果]从NCBI下载的Fast数据共包含291182条猪核苷酸序列,通过序列比对和手工整理,注释筛选出67000多条猪核苷酸序列;将小鼠的基因表达调控信息转移给猪,获得的猪基因表达调控关系链接有67027条,构建了猪GereDB数据库(http://www.thua45.cn/ge-redb-wp/),并开发GEREA生物信息学分析工具以发现猪基因表达调控因子.在猪GereDB数据库中有116个调控因子可调控100多个基因,说明其在猪转录组调控中发挥重要作用.GEREA生物信息学分析工具在已发表的猪乳腺组织数据集上进行测试,结果显示,与母猪分娩前14 d相比,分娩后1 d母猪乳腺中26个调控因子的靶基因显著差异表达(FDR<0.05),其中FGF2调控因子在母猪泌乳方面发挥重要作用.[结论]猪GereDB数据库能提供猪基因表达和调控间关系的信息,且能使用GEREA生物信息学分析工具发掘猪基因表达调控数据,有助于揭示调控因子对高通量测序差异表达基因的调控机制,为从基因水平探究猪的生长发育及疾病防控提供数据信息.
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