南方农业学报2020，Vol.51Issue(8) ：1823-1831.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2020.08.005

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

Screening of SNP locus and its bioinformatics analysis of ASIP gene in different chicken breeds with various feather colors

简华锋 祖盘玉 李洪林 牟腾慧 龙广丽 饶永超 林家栋 李辉 张福平
南方农业学报2020，Vol.51Issue(8) ：1823-1831.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2020.08.005
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不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

Screening of SNP locus and its bioinformatics analysis of ASIP gene in different chicken breeds with various feather colors

简华锋 1祖盘玉 1李洪林 2牟腾慧 1龙广丽 1饶永超 1林家栋 3李辉 3张福平1
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作者信息

  • 1. 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳550025;贵州大学家禽研究所,贵阳 550025;贵州大学科研鸡场,贵阳 550025
  • 2. 贵州农业职业学院,贵阳 551400
  • 3. 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳550025;贵州大学家禽研究所,贵阳 550025
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摘要

[目的]揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记.[方法]参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响.[结果]从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T.其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上.Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低.Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致.[结论]在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因mRNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制.

关键词

鸡/羽色/刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)/SNP位点/生物信息学

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基金项目

贵州省科技计划项目(黔科合支撑〔2019〕2285号)

出版年

2020
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.83
ISSN：2095-1191
被引量4
参考文献量16
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