南方农业学报2020，Vol.51Issue(8) ：1840-1848.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2020.08.007

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

Rapid screening and protein function prediction of MSTN gene SNP sites in Guizhou local chicken breeds

龙广丽 牟腾慧 刘洋 饶永超 杨德凤 谭光辉 林家栋 傅筑荫 张福平
南方农业学报2020，Vol.51Issue(8) ：1840-1848.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2020.08.007
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贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

Rapid screening and protein function prediction of MSTN gene SNP sites in Guizhou local chicken breeds

龙广丽 1牟腾慧 1刘洋 1饶永超 1杨德凤 1谭光辉 2林家栋 2傅筑荫 3张福平1
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作者信息

  • 1. 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳 550025;贵州大学家禽研究所,贵阳 550025;贵州大学科研鸡场,贵阳 550025
  • 2. 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳 550025;贵州大学家禽研究所,贵阳 550025
  • 3. 贵州大学家禽研究所,贵阳 550025;贵州大学科研鸡场,贵阳 550025
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摘要

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.

关键词

贵州地方白羽鸡种/MSTN基因/肉质性状/SNP位点/多态性/生物信息学

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基金项目

贵州省科技计划项目(黔科合支撑〔2016〕2507号)

出版年

2020
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.83
ISSN：2095-1191
被引量3
参考文献量19
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