南方农业学报2021，Vol.52Issue(7) ：1780-1789.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2021.07.006

禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析

Genome-wide variation analysis of the aborted-seeded and late-maturing mutant GLL-1 from Heli

丁峰 李浩然 王金英 彭宏祥 何新华 黄小雄 李平 钟敏芝 覃燕 张树伟
南方农业学报2021，Vol.52Issue(7) ：1780-1789.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2021.07.006
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禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析

Genome-wide variation analysis of the aborted-seeded and late-maturing mutant GLL-1 from Heli

丁峰 1李浩然 2王金英 3彭宏祥 4何新华 3黄小雄 2李平 5钟敏芝 5覃燕 5张树伟6
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作者信息

  • 1. 广西农业科学院/广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁 530007;广西农业科学院园艺研究所,南宁 530007;广西大学农学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,南宁 530004
  • 2. 广西农业科学院/广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁 530007
  • 3. 广西大学农学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,南宁 530004
  • 4. 广西农业科学院园艺研究所,南宁 530007
  • 5. 桂平麻垌镇农业技术推广站,广西桂平 537200
  • 6. 广西农业科学院/广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁 530007;广西农业科学院园艺研究所,南宁 530007
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摘要

[目的]探究禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1的全基因组变异情况,为调控荔枝果实成熟期、解析焦核发生分子机制及选育焦核品种提供理论支持.[方法]通过荔枝种质资源普查发现1个禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1,对禾荔和GLL-1开展全基因组重测序(测序深度50×),对比分析GLL-1全基因组变异情况.[结果]与禾荔相比,GLL-1果实明显较大,品质优良,特晚熟,种子变为焦核,可食率明显提高.从GLL-1基因组获得320858674个高质量的Clean reads,定位到荔枝参考基因组的高质量Clean reads数占比为96.07％,正确识别率大于Q20的碱基占比为96.48％,正确识别率大于Q30的碱基占比为91.38％,基因组GC含量为35.28％,覆盖度(大于1×的碱基占比)为97.62％.检测到9306084个单核苷酸多态性(SNP)位点和759887个小片段插入和缺失(Indel)位点,共导致12621个基因发生变异,其中发生非同义SNP突变的基因8451个,发生Indel的基因4170个.许多与花色素苷生物合成相关的MYB、bHLH、WD40转录因子家族基因及参与ABA信号转导的重要家族基因(bZIP、WRKY、MAPK及PPR)均发生突变.[结论]MYB、bHLH、WD40、bZIP、WRKY、MAPK及PPR等家族基因的突变可能是导致GLL-1果实特晚熟及焦核发生的一个主要原因,推测其在调控荔枝果实发育和焦核发生中发挥关键作用.

关键词

荔枝/焦核突变体/全基因组重测序/变异分析/SNP/Indel

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基金项目

出版年

2021
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.83
ISSN：2095-1191
参考文献量3
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