南方农业学报2021，Vol.52Issue(11) ：2962-2968.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2021.11.006

基于DIA LC-MS的烟草根尖蛋白质样品检测分析

Detection and analysis of protein samples of tobacco root tip tissue based on DIA LC-MS

莫泽君 陈小翔 蒲媛媛 段丽丽 田宗林 滕建辉 罗雯 阙远慧 刘仁祥
南方农业学报2021，Vol.52Issue(11) ：2962-2968.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2021.11.006
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基于DIA LC-MS的烟草根尖蛋白质样品检测分析

Detection and analysis of protein samples of tobacco root tip tissue based on DIA LC-MS

莫泽君 1陈小翔 2蒲媛媛 1段丽丽 1田宗林 3滕建辉 3罗雯 3阙远慧 3刘仁祥3
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作者信息

  • 1. 贵州大学农学院 贵阳 550025;贵州省烟草品质研究重点实验室,贵阳 550025
  • 2. 浙江中烟工业有限责任公司,杭州 310000
  • 3. 贵州省烟草品质研究重点实验室,贵阳 550025;贵州大学烟草学院,贵阳 550025
  • 折叠

摘要

[目的]分析数据非依赖性采集高分辨率色谱—质谱技术(DIA LC-MS)对根尖差异蛋白质样品检测的适用性,为深入研究烟草蛋白质组学提供技术支撑.[方法]以6个烟草品种(系)移栽后74 d的根尖组织为试验材料,采用DIA LC-MS法对裂解的蛋白质肽段进行扫描,从而分析该方法对根样组织的适用性.[结果]采用TCA/丙酮沉淀+SDT裂解法提取根尖总蛋白质,能得到横向条带平行性好,电泳条带清晰的蛋白质样品,样品等级评价均达到A级.构建的DDA数据库包含28042条肽段,共鉴定出7084个蛋白质.DIA数据的色谱峰平均数据点为7,平均的峰容量达260,主要肽段的保留时间(iRT)均被检测出,且整体较稳定,在Q值为0.01标准下的一致性评分(Cscore)为0.948,变异系数(CV)中值为11.5％(小于20.0％),相关系数大于0.9.DIA全息扫描模式下从6个烟草品种(系)的根尖组织中鉴定出的蛋白质数目为4149～5069个.[结论]DIA LC-MS分析鉴定的蛋白质范围广、数量大、可信度高,具有一定的可靠性和稳定性,各项质控指标均能达到试验分析要求,说明DIA LC-MS适用于烟草根尖蛋白质组样品的检测分析.

关键词

烟草/DIA/LC-MS/根尖/蛋白质/检测/适应性

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基金项目

国家自然科学基金(32060510)

贵州省科技厅项目([2016]5663)

贵州省科技厅项目([2019]1405)

出版年

2021
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.83
ISSN：2095-1191
参考文献量12
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