南方农业学报2021,Vol.52Issue(12) :3237-3243.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.006

基于Rag1基因序列的黄河高原鳅群体遗传结构分析

Genetic structure of Triplophysa pappenheimi populations based on Rag1 gene sequence

谢佳燕 颜渊 杨钰慧 闫达中 吴菁
南方农业学报2021,Vol.52Issue(12) :3237-3243.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.006

基于Rag1基因序列的黄河高原鳅群体遗传结构分析

Genetic structure of Triplophysa pappenheimi populations based on Rag1 gene sequence

谢佳燕 1颜渊 1杨钰慧 1闫达中 1吴菁1
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作者信息

  • 1. 武汉轻工大学生命科学与技术学院,武汉 430023
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摘要

[目的]明确不同水域黄河高原鳅群体免疫基因多样性水平和遗传组成,为黄河高原鳅自然种质资源现状的评估、保护及合理开发提供理论依据.[方法]采集黄河中上游不同河段的黄河高原鳅自然群体[青海循化(XH)群体、青海大通(DT)群体及甘肃景泰(JT)群体]样品,基于重组激活基因(Rag1)序列对不同黄河高原鳅群体的遗传多样性水平和遗传组成差异进行研究.[结果]在不同黄河高原鳅群体的Rag1基因序列中共检测到8个单倍型(H1~H8),其中有5个单倍型(H1、H2、H3、H4和H6)在2个以上的群体间相互共享,尤其是单倍型H1、H4和H6在所有群体中均有分布.黄河高原鳅总群体的单倍型多态性为0.742,核苷酸多态性为0.003,在3个黄河高原鳅群体中共检测到28个多态位点.不同黄河高原鳅种群间的单倍型多态性范围在0.575~0.872,核苷酸多态性范围在0.002~0.003.XH群体与JT群体间的遗传分化系数(Fst)为0.037,XH群体与DT群体间的Fst为-0.041,JT群体与DT群体的Fst为-0.022;不同黄河高原鳅群体的分子遗传变异主要发生在群体内(占99.56%).单倍型网络结构图及NJ聚类树和ML聚类树均显示,不同黄河高原鳅自然种群个体相互混合在一起,未按照采样河段地理位置形成明显的聚类结构,即黄河高原鳅不同单倍型间呈现混合的分布格局.[结论]黄河高原鳅群体遗传多样性水平中等,不同自然群体间的遗传多样性水平存在一定差异,但并未检测到显著的遗传差异,建议在野外进行管理和保护时仍可视为一个整体.

关键词

黄河高原鳅/Rag1基因/自然种群/遗传结构/单倍型

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基金项目

国家留学基金(201808420365)

教育部产学合作协同育人项目(202102102111)

湖北省教育厅科研项目(B2017076)

出版年

2021
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:0.83
ISSN:2095-1191
参考文献量5
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