摘要
[目的]分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征,为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据.[方法]以不同温度处理的柴胡种子为材料,经高通量转录组测序后,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索,最后统计分析SSR的分布及序列特征.[结果]从转录组数据组装获得244194条Unigenes,其N50值为1036 bp,平均长度791 bp,总长度193138105 bp.从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点,去除20405个复合型SSR位点,以29898个单一型SSR位点为后续分析对象.转录组SSR的出现频率为12.24％,平均分布距离6.46 kb,主要重复基元类型为二核苷酸,共17105个,占SSR总数的57.21％,其次为三核苷酸和单核苷酸,分别占SSR总数的20.75％和20.46％,四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少.转录组SSR中,共有97种重复基元,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元分别以AT/AT和ATC/GAT为主,分别占SSR总数的33.33％和3.98％;重复次数5～10次的SSR位点数量最多,共27942个,占SSR总数的93.46％.转录组SSR序列长度存在明显差异(12～76 bp),平均长度15.28 bp.[结论]柴胡转录组的SSR位点出现频率较高,类型较丰富,具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力,将其用于柴胡的遗传多样性分析、种质资源评价及分子标记辅助育种等研究.
基金项目
国家中药材产业技术体系建设项目(CARS-21)
河北省中药材产业技术体系建设项目(HBCT2018060201)
河北省农林科学院科研业务费项目(2018070203)
国家科技期刊平台
NSTL
维普
万方数据