摘要
[目的]基于转录组开发SSR和SNP分子标记用于评价棘胸蛙(Quasipaa spinosa)遗传多样性,为其种质资源的创新利用提供理论支撑.[方法]采用TRIzol试剂盒提取棘胸蛙肝脏、肌肉和肾脏组织总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序,通过MISA对棘胸蛙转录组测序数据进行SSR检索,并以SAM-tools和VarScan v.2.2.7进行SNP查找.[结果]棘胸蛙转录组测序共获得93887条非冗余基因(Unigenes),序列总长度达91352712 bp,且所有转录组Q30均超过95.00％.在93887条Unigenes中发现33019个SSRs,其中21966条Unigenes含有SSR,6688条Unigenes含有超过1个SSR;以单核苷酸重复型SSR数最多,达25788个,且出现频率最高(27.47％).SSR的平均长度以四核苷酸重复型最长,达35.47 bp;棘胸蛙SSR以(A/T)n为绝对优势重复基元,占总SSR的65.51％,然后依次为(C/G)n、(AT/AT)n、(AC/GT)n、(AG/CT)n、(AAT/ATT)n、(AGG/CCT)n,分别占总SSR的12.59％、5.66％、5.55％、3.31％、1.55％和1.30％.在33019个SSRs中,核苷酸重复次数主要集中在5～25次,占总SSR的99.91％,且大部分SSR位于非编码区,仅有1633个SSRs位于编码区;长度≥12 bp的SSR共计17244个,占总SSR的58.53％.挑选120对SSR引物进行引物有效性验证,发现有57对引物扩增出单一条带,且条带大小与预期结果一致.对棘胸蛙转录组序列进行SNP检索,共发现87634个SNPs,其中,56300个SNPs属于转换位点、31334个SNPs属于颠换位点,转化/颠换比达1.80,碱基的转换频率明显高于颠换频率.[结论]利用高通量转录组测序开发棘胸蛙SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法,能开发出通用性较高、数量较多、覆盖性较广的分子标记.棘胸蛙具有中度偏高的遗传多样性,可作为种质材料进一步开发利用.
基金项目
贵州省科技计划(黔科合支撑[2019]2344号)
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