南方农业学报2022,Vol.53Issue(7) :2025-2032.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2022.07.026

基于线粒体COII基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析

Genetic diversity analysis of Culter alburnus populations in the lower reach of Yangtze River based on COⅡ gene sequences

张桂宁 方弟安 薛向平 毛成诚 彭云鑫
南方农业学报2022,Vol.53Issue(7) :2025-2032.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2022.07.026

基于线粒体COII基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析

Genetic diversity analysis of Culter alburnus populations in the lower reach of Yangtze River based on COⅡ gene sequences

张桂宁 1方弟安 2薛向平 1毛成诚 3彭云鑫1
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作者信息

  • 1. 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室,江苏无锡 214081
  • 2. 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室,江苏无锡 214081;上海海洋大学/水产科学国家级实验教学示范中心,上海 201306
  • 3. 南京农业大学,南京 210095
  • 折叠

摘要

[目的]明确长江下游翘嘴鲌(Culter alburnus)群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础.[方法]在长江下游水域(淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段)设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COII基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima's D和Fu's Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析(AMOVA)及计算遗传距离和基因流(Nm).[结果]5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COII基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T(29.61%)>C(28.03%)>A(24.19%)>G(18.17%),AT含量为53.8%,CG含量为46.2%.31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型(hap1~hap13),单倍型多样性指数(Hd)为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数(Pi)为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低.5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大(54.325),长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小(2.443);AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%.在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima's D和Fu'Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象.[结论]长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著.因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据.

关键词

翘嘴鲌/COII基因/遗传多样性/遗传分化/长江下游水域

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基金项目

出版年

2022
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:0.83
ISSN:2095-1191
被引量2
参考文献量13
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