摘要
[目的]分析灵芝属(Ganoderma)真菌的线粒体基因组特征及进化,为灵芝属物种分类、分子进化和系统发育分析提供理论依据.[方法]基于灵芝属真菌15个线粒体基因组序列,利用MEGA X、MISA、mVISTA、MAFFT、DnaSP、PAML X和IQ-TREE等生物信息学软件对基因组特征、序列多态性、简单重复序列(SSR)、基因进化和系统发育进行分析.[结果]灵芝属真菌线粒体基因组全长为50603～124588 bp,GC含量为25.4％～27.3％,含有15个保守的蛋白编码基因(PCG)、2个rRNA基因和25～29个tRNA基因.SSR主要由AT构成,单核苷酸重复类型比例最高,其次为三核苷酸重复和四核苷酸重复.种间线粒体基因组序列差异较大,非编码区的变异水平高于编码区,nad6、nad3和cob基因编码序列的变异度较高,内含子长度与线粒体基因组大小呈显著正相关.15个保守的线粒体蛋白编码基因主要受纯化选择影响,其中cob、cox1和nad2基因含有正选择位点.基因编码偏好A/T含量高的密码子,27个高频密码子中,13个以A结尾,14个以T结尾.系统发育分析结果显示,灵芝属真菌主要分为2个聚类组,其中紫芝、狭长孢灵芝和G.wiiroense聚为一组;喜热灵芝、白肉灵芝和铁杉灵芝聚成一支,与树舌灵芝、梅氏灵芝、四川灵芝和亮盖灵芝构成姊妹类群,共同构成另一组.[结论]灵芝属真菌的线粒体基因组在进化过程中发生明显的遗传变异,基因组长度主要与内含子插入和删除有关,蛋白编码基因密码子使用偏性强.
基金项目
国家自然科学基金(32100010)
国家自然科学基金(31860005)
云南省地方本科高等学校基础研究联合专项(202001BA070001-002)
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