南方农业学报2022，Vol.53Issue(12) ：3411-3419.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2022.12.012

辣椒疫霉拮抗菌Y4-39全基因组测序与分析

Whole genome sequencing and analysis of antagonistic bacteria Y4-39 against Phytophthora capsici

颜瑾 熊有明 肖志鹏 杨未 邹修为 鲁耀雄 周升明 张艳 王运生
南方农业学报2022，Vol.53Issue(12) ：3411-3419.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2022.12.012
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辣椒疫霉拮抗菌Y4-39全基因组测序与分析

Whole genome sequencing and analysis of antagonistic bacteria Y4-39 against Phytophthora capsici

颜瑾 1熊有明 2肖志鹏 2杨未 2邹修为 1鲁耀雄 3周升明 4张艳 4王运生1
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作者信息

  • 1. 湖南农业大学植物保护学院,湖南长沙 410128
  • 2. 衡阳市烟草公司,湖南衡阳 421011
  • 3. 湖南省农业科学院农业环境生态研究所,湖南长沙 410125
  • 4. 长沙市蔬菜科学研究所,湖南长沙 410003
  • 折叠

摘要

[目的]解析辣椒疫霉拮抗菌Y4-39的全基因组序列信息,阐明其防病促生机制,为其开发和应用提供理论依据.[方法]采用三代牛津纳米孔测序(ONT)和二代测序平台(BGISEQ)相结合的方法,对从黑水虻肠道分离获得的对辣椒疫霉具有较强抑制活性的贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)Y4-39进行全基因组测序、组装、基因预测和功能注释,并进行比较基因组学分析,从全基因组水平挖掘菌株Y4-39的次生代谢产物合成基因簇.[结果]菌株Y4-39全基因组大小为3891759 bp,GC含量46.67％,编码3713个蛋白基因,27个rRNA和86个tRNA基因,不含质粒.基于全基因组序列构建的B.velezensis系统发育进化树可分为5个亚群,亚群间的平均核苷酸一致率(ANI)大于97％,亚群内各菌株之间ANI大于98％.预测得到12个潜在的次生代谢产物合成基因簇,包括表面活性素、大环内酰亚胺H、bacil-laene、芬枯草菌素、地非西丁、杆菌素和杆菌溶素等抑菌活性物质,同时还存在5个产物未知的次生代谢产物合成基因簇.[结论]贝莱斯芽孢杆菌种内存在一定程度的分化.菌株Y4-39基因组含有多个次生代谢产物合成基因簇,具有合成多种抑菌活性物质的能力,具有较好的应用前景.

关键词

贝莱斯芽孢杆菌/全基因组测序/比较基因组分析/次生代谢产物

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基金项目

湖南省自然科学基金(2020JJ4361)

湖南省科技攻关"揭榜挂帅"项目(2021NK1040)

出版年

2022
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.83
ISSN：2095-1191
被引量2
参考文献量9
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