南方农业学报2023，Vol.54Issue(3) ：735-742.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2023.03.009

不同生长速度的雌性罗氏沼虾肌肉组织转录组测序分析

Transcriptome sequencing analysis of muscle tissues of female Macrobrachium rosenbergii with different growth rates

姜建萍 曾兰 吕敏 杨学明 蒋和生 蒋钦杨 卢小花 陈泳先 黄光华
南方农业学报2023，Vol.54Issue(3) ：735-742.DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2023.03.009
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不同生长速度的雌性罗氏沼虾肌肉组织转录组测序分析

Transcriptome sequencing analysis of muscle tissues of female Macrobrachium rosenbergii with different growth rates

姜建萍 1曾兰 2吕敏 2杨学明 2蒋和生 3蒋钦杨 3卢小花 2陈泳先 2黄光华2
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作者信息

  • 1. 广西药用植物园,广西南宁 530023
  • 2. 广西水产科学研究院,广西南宁 530021
  • 3. 广西大学,广西南宁 530004
  • 折叠

摘要

[目的]鉴定筛选出与罗氏沼虾生长性状相关的候选基因及信号通路,为揭示其生长发育的分子调控机制提供参考依据.[方法]以同一全同胞家系雌性罗氏沼虾中不同生长速度的个体为试验材料,采用Illumina HiSeqTM 2500进行转录组测序,经过滤、质控后利用Trinity进行拼接组装获得Unigenes,并在数据库(Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、Pfam、GO、KOG和KEGG)中进行功能注释,通过DESeq2进行快速生长组与慢速生长组间的差异表达基因(DEGs)分析,运用GOseq和KOBAS进行GO富集分析和KEGG通路分析,采用MISA进行SSR位点挖掘.[结果]罗氏沼虾肌肉组织转录组测序共计获得321706038条Raw reads,经过滤筛选得到310075274条Clean reads,拼接组装后得到38969条Unigenes;18160条(46.60%)Unigenes成功注释在Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、Pfam、GO、KOG和KEGG 8个数据库中.经DEGs分析,快速生长组与慢速生长组间共鉴定到DEGs 937个,其中上调表达基因235个,下调表达基因702个.937个DEGs分别富集到230个GO条目和21条KEGG信号通路中,包含氨基糖和核苷酸糖代谢(Amino sugar and nucleo-tide sugar metabolism)、糖酵解/糖质新生(Glycolysis/Gluconeogenesis)、氧化磷酸化(Oxidative phosphorylation)等信号通路.此外,在38969条Unigenes中共鉴定到22476个SSRs.[结论]不同生长速度的雌性罗氏沼虾肌肉转录组测序分析共筛选出937个DEGs,主要富集在氨基糖和核苷酸糖代谢、糖酵解/糖质新生、氧化磷酸化等信号通路上,在罗氏沼虾的生长发育过程中发挥重要作用.

关键词

罗氏沼虾/肌肉/生长性状/差异表达基因/转录组测序

Key words

Macrobrachium rosenbergii/muscle/growth trait/differentially expressed genes/transcriptome se-quencing

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基金项目

广西壮族自治区科技重大专项(桂科AA17204080-6)

广西壮族自治区重点研发计划(桂科AB19245033)

广西自然科学基金(2018GXNSFBA281209)

出版年

2023
南方农业学报
广西壮族自治区农业科学院

南方农业学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.83
ISSN：2095-1191
参考文献量6
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