摘要
[目的]建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系,并筛选出适宜的SCoT引物,为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考.[方法]以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材,通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化,并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选.最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析.[结果]单因素试验结果显示,DNA模板用量为40～70 ng,引物(10 μmoL/L)用量为1.0～1.4 μL,Mix预混液用量为9.0～12.0 μL范围内扩增效果较好,通过L16(43)正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0 μL:DNA模板(40 ng/μL)1.0 μL,引物(10 μmoL/L)1.2 μL,Mix预混液10.0 μL,7.8 μL ddH2O.利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物,并确定了各引物最适的退火温度.26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点,其中多态性位点204个,多态性比率为66.89%,平均每条引物扩增出11.7个基因位点,有8.7个多态性位点.4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数(Na)为1.7377,平均有效等位基因数(Ne)为1.5344,Nei's基因多样性指数(H′)为0.3053,Shannon指数(I)为0.4449.4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443～0.6492,遗传距离为0.4320～0.6083,说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异,遗传多样性水平较高.[结论]建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好,可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析.
基金项目
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-21)
广西重点研发计划(桂科AB21220042)
广西特色作物试验站项目(桂TS2022002)
广西水土保持学会重点领域创新项目(CARS-21)
Guangxi Key Research and Development Plan Project(Guike 21220042)
Guangxi Characteristic Crop Test Station Project(Gui TS2022002)
Innovation Project in Key Areas of Guangxi Soil and Water Conservation Society(202009001)
维普
万方数据