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两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析

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为了分析美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组密码子的使用偏性,该研究通过筛选美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组中各52条蛋白编码序列,并利用CodonW、CUSP 和SPSS软件对其密码子使用模式及偏性进行了分析.结果表明:(1)美丽梧桐、云南梧桐的GC含量分别为38.12％、38.05％,表明叶绿体基因组内富含A/T碱基.(2)有效密码子数(ENC)范围为36.91～56.46、36.55～58.04,表明多数密码子偏性较弱.(3)相对同义密码子(RSCU)分析显示,RSCU>1的密码子各有29个,其中28个以A、U结尾.(4)中性绘图显示,GC3 与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率分别为0.195和0.304,说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响.(5)ENC-plot分析中大部分基因分布于曲线的周围和下方,ENC比值多分布于-0.04～0.10之间,表明突变会影响密码子偏性的形成.此外,17、18个密码子分别被鉴定为美丽梧桐、云南梧桐的最优密码子.以上结果说明美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用,且使用模式较为相似,但具有一定的差异,可能与适应环境的进化机制有关.
Codon usage bias of chloroplast genome from two species of Firmiana Marsili

陆奇丰、骆文华、黄至欢

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广西壮族自治区中国科学院 广西植物研究所,广西 桂林 541006

美丽梧桐 云南梧桐 叶绿体基因组 密码子偏性 最优密码子

国家自然科学基金广西科学院基本业务费项目广西植物研究所基本业务费项目广西植物研究所基本业务费项目

317001962017YJJ23008GZY16003GZY17008

2020

广西植物
广西壮族自治区广西植物研究所,中国科学院广西植物研究所,广西植物学会

广西植物

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.719
ISSN：1000-3142
年,卷(期)：2020.40(2)
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