为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析.结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.01％)>GC2(38.98％)>GC3(27.80％).有效密码子数(ENC)范围为37.66～54.43,及ENC值>45的有37个;RSCU>1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾.这些说明其偏好以A和U结尾,且偏性较弱.中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.250,相关性不显著,回归系数为0.394;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05～0.05区间外的基因有38个;PR2-plot分析说明在碱基的使用频率方面,U>A、G>C,说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响;19个密码子被确定为最优密码子.该研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据.
Analysis of codon usage bias in the chloroplast genome of Dalbergia odorifera
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