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基于SLAF-seq技术的苗药八爪金龙遗传分析

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为探究苗药八爪金龙群体遗传进化和亲缘关系的远近,该研究利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对42份八爪金龙样品进行测序,获得多态性SLAF标签.同时采用GATK和SAMtools软件在多态性SLAF中检测单核苷酸多态性(SNP)分子标记,并利用SNP分子标记分析八爪金龙样品间的遗传分化关系.结果表明:(1)42份八爪金龙共获得246.35 Mb reads,测序质量值Q30的平均值为95.66％,GC含量的平均值为41.14％.(2)通过生物信息学的分析,获得1769265个SLAF标签,其中379829个多态性SLAF标签,共开发2299640个SNPs分子标记.(3)利用开发的SNPs数据构建八爪金龙的系统发育树,42份八爪金龙分成两个大的类群.第一类群为细柄百两和原变种百两金;第二类群由贵州朱砂根、红凉伞、湖北朱砂根和江西朱砂根组成.江西朱砂根与其余群体关系较远,有明显的分群现象.该研究从基因组水平揭示不同地区八爪金龙资源之间的遗传关系,为八爪金龙种质资源的鉴定和遗传多样性分析提供了理论基础,所开发的SNP位点可进一步用于挖掘与品质、抗逆性等相关的基因.
Genetic analysis in Radix Ardisia based on SLAF-seq technology

刘畅、潘婕、刘雄伟、丁晶鑫、周英

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贵州中医药大学 药学院,贵阳 550025

八爪金龙 SLAF-seq SNP 遗传进化 亲缘关系

2018YFC1708100黔科合人才 [2015]4032号黔科合平台人才 [2018]5766号-9[2019]04号

2021

10.11931/guihaia.gxzw202006045

广西植物
广西壮族自治区广西植物研究所,中国科学院广西植物研究所,广西植物学会

广西植物

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.719
ISSN：1000-3142
年,卷(期)：2021.41(7)
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