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小立碗藓WRKY基因家族生物信息学分析

Bioinformatics analysis of WRKY gene family in Physcomitrella patens

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WRKY作为最先在植物中发现的转录因子,在植物生长发育等过程中发挥重要作用.为了更好地研究小立碗藓WRKY蛋白的结构与功能,该文以Pfam数据库中WRKY基因家族数据(登录号为PF03106)为材料,分析了小立碗藓(Physcomitrella patens)WRKY基因家族成员的理化性质、蛋白质的二级结构预测、染色体定位、内外显子分布及系统进化关系.结果表明:(1)小立碗藓WRKY基因家族成员共有38个基因,根据WRKY保守结构域个数和锌指结构类型分成Ⅰ、Ⅱ两大类,不含第Ⅲ类(锌指结构为C2HC型),其中部分基因WRKY保守结构域发生变异.(2)WRKY蛋白氨基酸长度在216～775 aa之间、相对分子质量在24.5～82.8 kDa之间,亚细胞定位显示WRKY家族成员蛋白质定位于细胞核中.(3)WRKY蛋白的二级结构以α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲四种构成元件构成,除PpWRKY11(α-螺旋为主)外,其余无规卷曲占比高达70％.(4)与拟南芥的系统进化关系表明,植物在进化过程中WRKY家族成员的数目与进化方式发生改变,WRKY基因家族成员外显子的个数为3～7个.(5)小立碗藓WRKY基因家族成员无规则分散于21条染色体上,并未形成基因簇.该研究通过分析WRKY基因家族的基本结构与性质,能为后续深入研究WRKY转录因子的功能奠定基础.

乔刚、李莉、姜山

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贵州师范大学 生命科学学院,贵阳 550001

贵州师范大学 国际教育学院,贵阳 550001

小立碗藓 WRKY转录因子 基因家族分析 生物信息

国家自然科学基金国家自然科学基金

3126042631560508

2022

10.11931/guihaia.gxzw202007039

广西植物
广西壮族自治区广西植物研究所,中国科学院广西植物研究所,广西植物学会

广西植物

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.719
ISSN：1000-3142
年,卷(期)：2022.42(2)
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