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大粒香水稻叶绿体基因组特征分析

Analysis of chloroplast genome of rice Dalixiang

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大粒香作为贵州重要的优质稻资源,推广种植面积大,并且在乡村振兴过程中为社会带来了较高的经济效益.然而,目前对大粒香基因组学的理论研究报道较少.为揭示大粒香水稻叶绿体基因组(cpDNA)特征及系统发育关系,该研究对大粒香叶绿体进行测序,并分析其基因组特征.结果表明:(1)大粒香水稻cpDNA全长134563 bp,包括1个大单拷贝区(LSC,80864 bp)、1个小单拷贝区(SSC,12347 bp)和2个反向重复序列区(IRs,20676 bp).(2)注释到129个基因,可分为蛋白编码、tRNA和rRNA三类基因,数量分别为85个、36个和8个.(3)密码子偏好分析显示,大粒香cpDNA密码子偏好A碱基或U(T)碱基,亮氨酸密码子使用了1944次,使用次数最多;半胱氨酸的密码子仅使用198次,使用次数最少.(4)检测到129个SSR,其中有95个单核苷酸重复且大部分SSR序列由A/T碱基组成.(5)系统发育分析结果显示,大粒香与热带粳稻亲缘关系最近,聚为一类.该研究结果揭示了大粒香叶绿体基因组信息,并确定了大粒香系统发育所属分支.

吴朝昕、刘雪薇、李祖军、龙武华、宫彦龙、朱速松

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贵州省农业科学院 水稻研究所,贵阳550006

水稻 大粒香 叶绿体基因 SSR 系统发育分析

黔农科院青年基金贵州省科技基础项目黔农科院引导项目黔科合支撑项目黔科中引地项目黔科合平台人才项目黔科合平台人才项目

[2018]101号黔科合基础[2020]1Y101[2018]03号[2019]2304号[2019]4001[2017]5719黔科合基础ZK[2021]124

2022

10.11931/guihaia.gxzw202105024

广西植物
广西壮族自治区广西植物研究所,中国科学院广西植物研究所,广西植物学会

广西植物

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.719
ISSN：1000-3142
年,卷(期)：2022.42(11)
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