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GⅡ.4型诺如病毒VP2蛋白生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of the VP2 Protein of GⅡ.4 Norovirus

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为了解诺如病毒VP2蛋白的生物学特征,该研究以当前诺如病毒GⅡ.4型流行毒株VP2蛋白为研究对象,应用生物信息学软件对VP2蛋白的理化性质、磷酸化位点、糖基化位点、跨膜区、信号肽、二级结构、三级结构、抗原决定簇和B细胞抗原表位进行预测分析.结果表明,诺如病毒流行毒株VP2蛋白为稳定的亲水性蛋白,平均等电点为10.47、吸水系数为-0.47、不稳定系数为47.91,碱性氨基酸约占含量的 11.60%;该蛋白含有约 43 个潜在的磷酸化修饰位点和 2 个潜在的糖基化修饰位点;大多数毒株不存在跨膜区和信号肽,然而GI.3型诺如病毒VP2蛋白存在跨膜区和信号肽;诺如病毒VP2蛋白二级结构中α-螺旋平均占比38.17%、延伸链平均占比 7.45%、β-折叠平均占比 6.25%、无规则卷曲平均占比 48.13%;三级结构预测模型的蛋白覆盖率为 56.70%;平均存在8个潜在的蛋白质抗原决定簇和25个B细胞抗原表位.该研究运用生物信息学分析方法预测当前GⅡ.4型诺如病毒流行毒株VP2蛋白的理化性质和结构等方面,为进一步深入研究诺如病毒VP2蛋白功能奠定了理论基础.

norovirusVP2 proteinbioinformatics

林鹏、黄玉雯、李学鹏、励建荣

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渤海大学食品科学与工程学院,渤海大学海洋研究院,辽宁省食品安全重点实验室,生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心,辽宁锦州 121013

诺如病毒 VP2蛋白 生物信息学

国家重点研发计划重点专项

2019YFD0901702

2023

10.13982/j.mfst.1673-9078.2023.9.1140

现代食品科技
华南理工大学

现代食品科技

CSTPCD北大核心
影响因子：1.07
ISSN：1673-9078
年,卷(期)：2023.39(9)
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