首页|溪黄草转录组测序及生物信息学分析

溪黄草转录组测序及生物信息学分析

扫码查看
原文链接
  • NETL
  • NSTL
  • 万方数据
  • 维普
[目的]利用高通量测序技术获得溪黄草的转录组信息.[方法]溪黄草叶片总RNA经过提取、建库、测序,从头测序(de nove)组装,获得非冗余通用基因(unigene)序列,再进行注释和比对,得到溪黄草转录组的遗传信息.[结果]共获得37418条unigene,平均长度为1054.1 bp,N50为1840 bp.共有23978条(64.08％)unigene在至少1个数据库中获得功能注释,其中2429条(6.49％)unigene在所有数据库中均能获得注释.在真核生物蛋白质同源簇数据库/蛋白相邻的聚类(KOG/COG)数据库中注释到信号转导机制的unigene数目(1974条,15.35％)最多.20222条unigene在基因本体论(GO)数据库中获得注释,主要包括65个功能分类.在京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库中共有3674条unigene得到注释,涉及289个代谢通路.还鉴定到大量unigene涉及信号转导、黄酮类物质合成、萜类物质合成和苯丙素生物合成.此外,采用微卫星识别工具(MISA)对组装的unigene进行简单重复序列(SSR)检测,共鉴定到9489个SSR位点,并使用Primer 3.0设计引物.[结论]这些转录组数据为进一步了解溪黄草的生物学过程、生长发育、次生代谢通路提供了相关资源信息,也为下一步功能基因组分析、分子标记开发和遗传图谱构建提供了基础数据.
Transcriptome Sequencing and Bioinformatic Analysis of Rabdosia serra(Maxim.)Hara

王继华、蔡时可、梅瑜、李汉章、杨少海

展开 >

广东省农作遗传改良重点实验室,广东省农业科学院作物研究所,广东广州 510640

广东建鹏南药种养有限公司,广东广州 510070

溪黄草 转录组 unigene 功能注释 简单重复序列(SSR)

以农产品为单元的广东省现代农业产业技术体系创新团队建设项目(南药产业)广东省康美(惠来)南药产业园项目、广东省农作物种质资源库(圃)建设与资源收集保存鉴评项目

2019KJ148 [2018]36号

2020

广州中医药大学学报
广州中医药大学

广州中医药大学学报

CSTPCD
影响因子：1.055
ISSN：1007-3213
年,卷(期)：2020.37(8)
  • 3
  • 8