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陆地棉 NF-YB 基因家族的全基因组分析

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为了进一步了解 NF-YB 基因家族结构的功能,利用生物信息学手段,系统研究了陆地棉标准系 TM-1基因组中 NF-YB 基因家族的数目、亚细胞定位、染色体分布、进化关系、基序以及组织表达情况。结果表明:TM-1基因组中共有41个 NF-YB 基因家族成员,它们含有相同的 CBFD_NFYB_HMF 结构域,大部分定位到细胞核内;41个NF-YB基因家族成员分布在19条染色体上,其中有19组成员在 A 亚组和 D 亚组中表现为直系同源基因;进化树分为Ⅰ和Ⅱ2个小组,每个小组成员间具有相似的基序类型和排列顺序;组织表达分析则发现,在这41个 NF-YB 基因家族成员中,至少有24个成员可以进行表达,且表现出一定的组织特异性。
Genome-wide Analysis of NF-YB Gene Family in Gossypium hirsutum L.
In order to further understand the structure and function of NF-YB gene family,we have systemati-cally investigated the number,subcellular localization,chromosome distribution,evolutionary relationships,motif and tissue expression pattern of of family in the genome of Gossypium hirsutum L.acc.TM-1 by bioinformatics method. 41 NF-YB genes were identified in TM-1 genome;the 41 NF-YB genes contain the same CBFD_NFYB_HMF do-main,and most of them were located in nucleus;they distributed on 1 9 chromosomes,and there were 1 9 pairs of the genes on the A subgroup and D subgroup were orthologous genes;41 NF-YB genes can be divided into groupⅠand groupⅡ,and there were similar motif type and arrangement in each group;.24 NF-YB genes were expressed,but the expression pattern varied among different tissues.

NF-YB gene familyGossypium hirsutum L.Bioinformatics

刘静、徐珍珍、袁娜、郭月、张保龙、杜建厂

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江苏省农业科学院 农业生物技术研究所,江苏省农业生物学重点实验室,江苏 南京 210014

江苏省农业科学院 经济作物研究所,农业部长江下游棉花和油菜重点实验室,江苏 南京 210014

NF-YB 基因家族 陆地棉 生物信息

江苏省“333”人才工程项目江苏省农业科技自主创新基金棉花生物学国家重点实验室开放课题

BRA2013267CX133059CB2016B03

2016

华北农学报
河北,北京,天津,山西,河南,内蒙古六省市农科院农学会

华北农学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:1.067
ISSN:1000-7091
年,卷(期):2016.31(5)
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