Chamaeleo:DNA存储碱基编解码算法的可拓展集成与系统评估平台

Chamaeleo: an integrated evaluation platform for DNA storage

平质 ¹张颢龄 ¹陈世宏 ²倪鸣 ³徐讯 ¹朱砂 ⁴沈玥⁵

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作者信息

1. 深圳华大生命科学研究院,广东深圳 518083;深圳市合成生物学创新研究院,中国科学院深圳先进技术研究院,广东深圳 518055;广东省高通量基因组测序与合成编辑应用重点实验室,深圳华大生命科学研究院,广东深圳518120
2. (广东省)华大基因合成基因组学院士工作站,深圳华大基因科技有限公司,广东深圳 518120;深圳国家基因库,广东深圳 518120
3. 深圳华大生命科学研究院,广东深圳 518083;广东省高通量基因组测序与合成编辑应用重点实验室,深圳华大生命科学研究院,广东深圳518120
4. 英国牛津大学大数据研究所,牛津 OX3 7LF;英国TAICHI AI Ltd.,伦敦 N1 7GU
5. 深圳华大生命科学研究院,广东深圳 518083;深圳市合成生物学创新研究院,中国科学院深圳先进技术研究院,广东深圳 518055;广东省高通量基因组测序与合成编辑应用重点实验室,深圳华大生命科学研究院,广东深圳518120;深圳国家基因库,广东深圳 518120
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摘要

近年来DNA存储因其数据存储密度与保存时间方面的优势而备受关注,有望在如光盘、硬盘等传统存储介质之外作为一种新型信息存储方式,满足海量数据存储及特殊应用领域数据加密存储的迫切需求.DNA存储流程中,二进制信息到DNA碱基序列的相互转换(即编解码)方法是实现数字信息技术与生物技术衔接的最核心步骤.尽管DNA存储编解码研究已有丰富进展,但与现有上下游衔接技术的兼容性,对不同存储文件的适配性、存储稳健性和数据安全性等尚缺少一个可量化比较与评估的系统.因此,本研究开发了一个DNA存储编解码方法的可扩展集成与评估平台Chamaeleo,以模块化集成方式对已开发的编解码方法进行系统性量化分析与评估,可针对不同类型文件进行编解码方法的择优方案输出.Chamaeleo以开源方式运行,以便于未来新编解码方法和评价指标的持续加载,促进该领域开放交流,推动规范化有序发展.

关键词

DNA存储/二进制-碱基编解码方法/评估体系/兼容性/存储稳健性

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基金项目

出版年

2021

合成生物学

CSCD北大核心

ISSN：

被引量2

参考文献量1

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